De stichting Transmuralis is een onafhankelijk samenwerkingsverband, dat werkt in opdracht van het bestuur. Het bestuur is belast met het besturen van de stichting.
Het bestuur bestaat op dit moment uit de volgende leden:
| Mw. drs. A.L.R. de Jongh MM MBA H | Voorzitter | Voorzitter raad van bestuur Topaz |
| Mw. drs. Y.M. Wilders R.A. | Penningmeester | Voorzitter raad van bestuur Alrijne Zorggroep |
| Dhr. J.Y. Brehler | Secretaris | Algemeen bestuurder Zorggroep ROHWN |
| Dhr. prof. dr. M.J. Schalij | Lid | Raad van bestuur LUMC |
| Dhr. drs. W. Wiegersma | Lid | Voorzitter raad van bestuur Basalt |
| Mw. F. Kothuis MSc | Lid | Voorzitter raad van bestuur GGZ Rivierduinen |
| Mw. C.M.M. Ineke | Lid | Voorzitter raad van bestuur Libertas Leiden |
| Mw. A.T.M. Asberg | Lid | Voorzitter raad van bestuur Marente |
| Mw. A. van Hemel | Lid | Voorzitter (wnd) raad van bestuur ActiVite |
| Dhr. A.M. van Houten MHA | Lid | Voorzitter raad van bestuur Zorg en Zekerheid |
| Dhr. dr. J.M.M. de Gouw | Lid | Directeur Publieke Gezondheid Hollands Midden |