De stichting Transmuralis is een onafhankelijk samenwerkingsverband, dat werkt in opdracht van het bestuur. Het bestuur is belast met het besturen van de stichting. De directeur is belast met de dagelijkse leiding van de stichting.
Het bestuur bestaat op dit moment uit de volgende leden:
| Mw. H. van den Brink | Voorzitter | Raad van bestuur Marente |
| Dhr. S.L.W. Schoch | Penningmeester | Raad van bestuur GGZ Rivierduinen |
| Dhr. T.G.C. Koster, huisarts | Secretaris | Voorzitter Huisartsenposten De LIMES |
| Dhr. prof. dr. M.J. Schalij | Lid | Raad van bestuur LUMC |
| Dhr. H.A. Keuzenkamp | Lid | Interim-voorzitter raad van bestuur Basalt |
| Dhr. B. Martens | Lid | Raad van bestuur Libertas Leiden |
| Mw. J.M.A. Veldhof | Lid | Voorzitter raad van bestuur ActiVite |
| Dhr. A.M. van Houten MHA | Lid | Voorzitter raad van bestuur Zorg en Zekerheid |
| Dhr. dr. J.M.M. de Gouw | Lid | Directeur Publieke Gezondheid Hollands Midden |
| Dhr. P.G. Stenger | Lid | Bestuurder Coöperatie Rijn en Duin |
| Dhr. A. Weermeijer | Lid | Bestuurder Topaz |
| Mw. drs. Y.M. Wilders | Lid | Voorzitter raad van bestuur Alrijne Zorggroep |