De stichting Transmuralis is een onafhankelijk samenwerkingsverband, dat werkt in opdracht van het bestuur. Het bestuur is belast met het besturen van de stichting. De directeur is belast met de dagelijkse leiding van de stichting.

Het bestuur bestaat op dit moment uit de volgende leden:

Mw. H. van den Brink Voorzitter Raad van bestuur Marente
Dhr. S.L.W. Schoch Penningmeester Raad van bestuur GGZ Rivierduinen
Dhr. T.G.C. Koster, huisarts Secretaris Voorzitter Huisartsenposten De LIMES
Dhr. prof. dr. M.J. Schalij Lid Raad van bestuur LUMC
Dhr. H.A. Keuzenkamp Lid Interim-voorzitter raad van bestuur Basalt
Dhr. B. Martens Lid Raad van bestuur Libertas Leiden
Mw. J.M.A. Veldhof Lid Voorzitter raad van bestuur ActiVite
Dhr. A.M. van Houten MHA Lid Voorzitter raad van bestuur Zorg en Zekerheid
Dhr. dr. J.M.M. de Gouw Lid Directeur Publieke Gezondheid Hollands Midden
Dhr. P.G. Stenger Lid Bestuurder Co√∂peratie Rijn en Duin
Dhr. A. Weermeijer Lid Bestuurder Topaz
Mw. drs. Y.M. Wilders Lid Voorzitter raad van bestuur Alrijne Zorggroep